抗战初期，日寇企图抢夺成吉思汗陵，以此控制蒙古族投降日寇，分裂中华民族。日寇在伊克昭盟派遣特务威逼利诱，派遣飞机实施轰炸，跨过黄河发动疯狂的战争，日寇与蒙奸妄图采取各种手段达到抢夺成吉思汗陵的目的。为了彻底粉碎日寇阴谋，抵御其对伊克昭盟的侵略，防止成吉思汗陵寝落到日本侵略者势力范围，伊克昭盟各族人民同仇敌忾，共同奋勇抗敌。同时也进行了一次震惊全国的成吉思汗陵西迁壮举。

成吉思汗陵西迁，达尔扈特派出36人随行，从1936年6月9日至7月1日，历时近一个月，经过三省26个县，到达甘肃省榆中县兴隆山。期间途径延安、西安等地，全程约有百万群众迎送成吉思汗灵寝。

成吉思汗灵寝到达延安时，延安边区专门成立了迎灵办事处，举行了盛大的迎接成吉思汗灵寝公祭仪式。6月21日清晨，延安抗大、女大、鲁艺、工人学校、边区政府各机关和抗日后援会等百余单位近万余人，敲锣打鼓，前往十里铺恭迎陵寝。中共中央代表谢觉哉、中央统战部副部长柯庆施、八路军代表滕代远、八路军联络部部长王若飞、八路军后方政治部主任莫文骅、陕甘宁边区政府代主席高自立、秘书长曹力如等参加公祭。前来迎接的干部、学生和各界群众列队公路两旁，绵延达3里之长。

在十里铺公路旁，扎彩门、搭灵堂，彩门的两侧对联是：“蒙汉两大民族更亲密地团结起来、继承成吉思汗精神坚持抗战到底”，横幅是“恭迎成吉思汗灵柩”匾额，在搭建的灵堂中央悬挂着“世界巨人”横幅四个大字。

十一时，运载成吉思汗陵寝的队伍到达，欢迎群众齐声高呼“保卫伊金霍洛，保卫内蒙，保卫中国！”“蒙汉联合起来，打倒日本帝国主义！”，汽车将灵寝载入灵堂，三牲祭品陈列灵前，案前点燃香烛，奏乐鸣炮，祭礼开始。谢觉哉率领滕代远、柯庆施、高自立、莫文骅、王若飞等向成吉思汗灵寝行礼如仪后，中共中央、毛泽东、八路军及八路军政治部、中央统战部、陕甘宁边区党委政府、八路军留守处、边区教育厅、抗大等机关单位代表敬献花圈。曹力如宣读祭文，祭文诵毕，乐声重起，激荡空际。下午2时，护送灵寝人员参观了抗大、女子大学、鲁迅艺术学院等。

翌日清晨，延安各机关和学校代表齐赴南门外大操场，列队瞻仰成吉思汗灵寝，在欢呼声中与护送队伍挥手告别。

1940年3月19日，蒙古文化促进会在延安大礼堂成立。在成立大会上做出决议，在延安成立成吉思汗纪念堂和蒙古文化陈列馆。1940年7月24日，正逢公祭成吉思汗之日，延安各界举行纪念大会，并举行成吉思汗纪念堂暨蒙古文化陈列馆落成典礼。朱德、吴玉章、董必武、高岗等亲临纪念堂，举行隆重的祭典仪式。中共中央主席毛泽东题写了“成吉思汗纪念堂”七个大字。之后，每年农历三月二十一日，即成吉思汗春季查干苏鲁克大祭之日，延安各界在这里举行盛大的成吉思汗祭典仪式，这些都有力的表明了中国共产党对少数民族文化的重视。

1939-1949年，成吉思汗陵在兴隆山暂栖十年。1949年8月初，再迁移至青海省塔尔寺，9月青海省解放，高九如代表全体随行达尔扈特守护者，分别致电毛泽东主席、朱德总司令和高岗、乌兰夫，至此成吉思汗陵开创了新的纪元。

1954年4月初，成吉思汗陵返回故地伊金霍洛，成吉思汗陵这次历时15年的迁移，历史上称为“成吉思汗陵西迁”。

成吉思汗陵回归鄂尔多斯，更加体现了党的领导和对成吉思汗陵的重视。

全国解放以后，伊克昭盟人民热切期盼成吉思汗陵回归鄂尔多斯，为此，1953年伊克昭盟人民政府向内蒙古人民政府正式提出，又经中央人民政府政务院批准成吉思汗陵回归。为此，内蒙古人民政府组建了成吉思汗陵迁移及新陵园建筑委员会，简称“成吉思汗陵迁建委员会”，在同意成吉思汗陵迁回的同时，中央又拨80万元专款新建成吉思汗陵。

在迎接成吉思汗陵回归鄂尔多斯的过程中，内蒙古自治区人民政府组建了迎陵代表团，自治区监察委员会主任克力更任团长，代表及工作人员一行共29人，1954年3月15日从呼和浩特出发，乘专列往返，4月7日成吉思汗陵寝回到伊金霍洛故地。4月23日，在成吉思汗查干苏鲁克大祭之日，举行了成吉思汗大祭，同时举行了兴建成吉思汗新陵园奠基典礼。内蒙古自治区人民政府主席乌兰夫、副主席王再天和中央民族事务委员会委员萨空了、办公室副主任彭斯克，华北行政委员会民族事务委员会代表胡思等前来参加。大祭会上，乌兰夫主席在讲话中说：“这次成吉思汗灵柩移回后的大祭与新建成吉思汗陵的奠基，又活生生地表明了中国共产党、毛主席和中央人民政府对少数民族无微不至地关怀，我们内蒙古各族人民要和全国各兄弟民族紧密团结起来，共同建设我们伟大祖国的大家庭。”接着，在成吉思汗祭地上举行了大祭，在伊金霍洛的高地上举行了新建成吉思汗陵园的奠基典礼，在到会群众一片掌声中，乌兰夫、王再天和萨空了、彭斯克等破土立起陵园奠基纪念的基石。1956年新建成吉思汗陵园落成，并将分布于鄂尔多斯各地的成吉思汗八白室等圣物全部集中于成吉思汗陵供奉。